Pondok Pesantren Al-Muchtar memiliki sarana fasilitas sebagai berikut:
- Gedung Asrama Putra (2 Gedung)
- Gedung Asrama Putri (2)
- Gedung Kelas Putra (2 Gedung)
- Gedung Kelas Putri (2 Gedung)
- Mushola di Pondok Putra (1)
- Mushola di Pondok Putra (1)
- Mushola di Pondok Putri (1)
- Kamar Mandi di Pondok Putra (35)
- Kamar Mandi di Pondok Putri (35)
- Taman dan Kolam Ikan di Pondok Putra (2 )
- Taman dan Kolam Ikan di Pondok Putra (1)
- Saung – saung di Pondok Putra (8)
- Saung di Pondok Putri (1)
- Rumah guru di Pondok Putra (5)
- Rumah guru di Pondok Putri (3)
- Kantor Pimpinan dan Guru di Pondok Putra (3)
- Kantor Pimpinan dan Guru di Pondok Puri (3)
- Kantor Tata Usaha untuk Putra dan Putri (1)
- Kamar guru di Pondok Putra (4)
- Kamar guru di Pondok Putri (3)
- Ruang Lab MIPA di Pondok Putra (1)
- Ruang Lab MIPA di Pondok Putri (1)
- Ruang Lab Komputer di Pondok Putra (1)
- Ruang Lab Komputer di Pondok Putri (1)
- Perpustakaan di Pondok Putra (1)
- Perpustakaan di Pondok Putri (1)
- Ruang Multimedia di Pondok Putra (1)
- Ruang Multimedia di Pondok Putri (1)
- Ruang Rapat di Pondok Putra (1)
- Ruang Rapat di Pondok Putri (1)
- Ballroom di Pondok Putra (1)
- Aula di Pondok Putri (1)
- Dapur di Pondok Putra (1)
- Dapur di Pondok Putri (1)
- Ruang Makan di Pondok Putra (2)
- Ruang Makan di Pondok Putri (1)
- Lapangan Futsal di Pondok Putra (2)
- Lapangan Badminton di Pondok Putra (1)
- Lapangan di Pondok Putri (1)
- Ruang Osis di Pondok Putra (1)
- Ruang Osis di Pondok Putri (1)
- UKS di Pondok Putra (1)
- Klinik untuk Putra dan Putri (1)
- Mini market untuk Putra dan Putri (1)
- Bank Syariah untuk Putra dan Putri (1)
- ATM untuk Putra dan Putri (1)
- Majalah sekolah
- WIFI