Pondok Pesantren Al-Muchtar menaungi 2 unit yaitu SMPIT dan SMAIT yang keduanya memiliki program regular dan tahfizh. Program regular fokus kurikulum Pondok Pesantren AlMuchtar yang menekankan pada keunggulan Bahasa Arab, pelajaran diniyyah, Bahasa Inggris, tahsin dan tahfizh Quran dengan target hafalan 1 juz 1 tahun dan ilmu pengetahuan umum dengan kurikulum DIKNAS. Sedangkan program tahfizh fokus pada kurikulum Pondok Pesantren AlMuchtar yang menekankan pada tahsin dan tahfizh dengan target 5 juz per tahun, Bahasa Arab dan pelajaran diniyyah berbahasa Arab serta ilmu pengetahuan umum dengan kurikulum DIKNAS.
Dan kitab-kitab yang dipelajari di Pondok Pesantren Al-Muchtar Antara lain:
- Attibyan fi Aadaabi hamalatil Quran
- Tafsir Suwar Qashiroh
- Iqra bil qalam
- Al-muhadatsah al-‘Arabiyyah Linnaasyiin Durus al-‘aqaid diniyyah
- Durus al-fiqhiyyah
- Riyadh al-badi’ah
- Tanbihul ghafil
- Selected Hadith with English translation
- Mukhtarul Ahadits
- Akhlaq Lil Banin
- Ta’lim muta’allim
- Annhw al-muyassar
- Asshorf al-muyassar
- Al-muthola’ah al-haditsah
Adapun pelajaran diniyyah yang diajarkan di Pondok Pesantren Al-Muchtar adalah:
- Tahsin dengan metode tilawati
- Tahfizh
- Bahasa Arab
- Tauhid
- Fiqh
- Tafsir
- Hadith
- Akhlaq
- Nahw
- Shorof
- Mutholaah
- Mahfuzhot
